در کشور های در حال توسعه از جمله ایران کمبود B12 شایع‌ تر است . معمولا کمبود این ویتامین به دلیل دریافت ناکافی مواد‌ غذایی حیوانی و سو‌ء جذب ایجاد می‌ شود. به‌ همین‌ دلیل گیاه‌ خواران مطلق سطوح خونی پایینی از این ویتامین را دارند و لازم است مقادیر کافی از ویتامین B12 را از طریق مکمل‌ غذایی دریافت کنند.

کمبود B12 با افزایش سن بیشتر می‌ شود که دلیل اصلی آن آتروفی (تحلیل) دیواره معده و یا تولید و ترشح ناکافی فاکتور داخلی معده (عامل جذب ویتامین B12) است . همچنین افرادی که تحت عمل‌ های جراحی لاغری مانند بای‌ پس‌ معده قرار گرفته‌ اند در معرض کمبود این ویتامین هستند . شواهدی وجود دارد که کمبود B12 در افراد مبتلا به کم‌ کاری تیروئید شایع است . ویتامین B12 برای بارداری سالم نیز اهمیت دارد ، چرا که مغز و سیستم عصبی جنین نیازمند مقادیر کافی این ویتامین در مادر است . کمبود B12 در دوران بارداری محدودیت رشد جنینی ، نقص لوله عصبی و افزایش خطر ابتلا به دیابت نوع 2 در نوزاد را به دنبال دارد .